防治土傳病蟲害，必須認真實行“以防為主，綜合防治”的植保方針，以減少病原為中心目的。需注意農家肥必須充分腐熟、殺菌后再施用，并且要避免種植者相互串棚走動，避免攜帶病原傳播。在7、8月份溫室空閑期，可以利用溫室封閉性能好的特點，采取水淹、高溫悶棚、土壤藥劑處理等措施來殺滅病菌和害蟲，具體措施如下。
1.增施有機肥
7、8月份，將充分發酵后的優質農家肥于定植前按15～20 m3/667 m2施入土壤，可以增加土壤營養，并使土壤具有良好的團粒結構，促進秧苗根系的生長發育，提高作物抗病能力。
2.灌水洗鹽
7月份的溫室空閑期可清除前茬作物，旋耕后在四周筑埂，放滿水浸泡2天，2天后再浸泡1次。這樣可以減少土壤中的鹽分積累，同時殺死部分害蟲。
3.深翻曬土
用鐵鍬將土壤翻起，在陽光下曝曬7天，通過紫外線照射殺滅病蟲。
4.秸稈還田
定植前30天左右，撒入1000 kg/667 m2的粉碎秸稈（圖1），旋耕混勻，作畦灌水，覆蓋地膜。通過曝曬和秸稈發酵放熱，20～30 cm處的土壤溫度可達到60～70℃，從而起到殺蟲殺菌的作用。
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化學防治
5.種苗消毒處理
種子消毒種子消毒可以采用3種方式：將種子放在陽光下曬1～2天，可殺死種子表面的部分病原菌；利用溫湯浸種，將種子放在55℃水中浸泡30 min，也能殺死種子表面的一些病菌；使用藥劑拌種、浸種，如用甲霜靈拌種，或用多菌靈、磷酸三鈉、高錳酸鉀等溶液浸種20～30 min，可有效對種子進行消毒。
秧苗消毒處理育苗過程中，當子葉展平時可灌1次普力克，7～10天后再灌1次，可對秧苗進行消毒。栽苗前一天下午或傍晚，用“阿米西達+阿克泰”藥液浸蘸苗盤，第二天定植，定植時可在定植溝內撒施適量的多·福粉劑+辛硫磷顆粒劑進行消毒處理。
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6.土壤消毒處理
在日光溫室中可通過施加石灰氮、威百畝、棉隆、辣根素等消毒劑進行土壤消毒。