自己制作基質，原料可以選擇牛糞、菌棒、甘蔗渣等等，可以根據情況進行選擇。和蚯蚓糞不同的是，這些原料用作無土栽培時，不能直接使用需要提前發酵處理，才能裝到種植槽中。在發酵有機肥時，很多農戶將糞肥或者秸稈堆放在一起，然后加水覆蓋塑料膜，讓它在高溫下自然發酵。一般高溫時期需要兩個月的時間，而且有些不能完全腐熟，對作物生長有危害。為了避免這些情況發生，無土栽培的基質在發酵處理時，要注意兩個方面。
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1.使用生物發酵劑。
我們以牛糞為例，發酵劑中含有多種菌類，不但能加快腐熟速度，而且腐熟程度高，成本低，發酵溫度不受限制。所以，我們在處理基質時最好加上生物發酵劑，效果比較好。
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2.加上尿素。
牛糞在發酵時，一方要加上20斤尿素，改變碳氮比，更適合蔬菜生長。掌握好方法之后，自己也能制作基質。牛糞、菌棒等基質在處理時，先將原料加水，到手握成團不滴水的程度。將尿素和糞肥混合，再加上生物菌加水溶解和原料混合均勻。發酵原料、牛糞、生物菌、水，是制作基質所需要的材料。混合均勻之后再堆積在一起，一般高度在一米左右，上部覆蓋一層塑料膜，防止雨淋。但是原料四周不用覆蓋，要保持透氣。同時，在溫度升高之后，原料要翻一遍。基本上升溫后，20天左右就能發酵完成。