基質是無土栽培中重要的栽培組成材料，因此，對基質應根據具體情況予以精心選擇，基質的選用原則可以從三個方面考慮，一是植物根系的適應性，二是基質的適用性，三是基質的經濟性。
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1、根系的適應性：無土基質的優點之一是可以創造植物根系生長所需要的最佳環境條件，即最佳的水氣比例。氣生根、肉質根需要很好的通氣性，同時需要保持根系周圍的濕度達80%以上，粗壯根系要求濕度達80%以上，通氣較好。
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2、基質的適用性：指選用的基質是否適合所要種植的作物。一般來說，基質的容重在0.5左右，總孔隙度在60%左右，大小孔隙比在0.5左右，化學穩定性強，酸堿度接近中性，沒有有毒物質存在時，都是適用的。決定基質是否使用，還應該有針對性地進行栽培試驗，這樣可提高選擇基質的準確性。
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3、基質的經濟性：除了考慮基質的適應性以外，選用基質時還要考慮其經濟性。有些基質雖對植物生長有良好的作用，但來源不易或價格太高，因而不宜使用。
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選用基質既要考慮對促進作物生長有良好效果，又要考慮基質來源容易，價格低廉，經濟效益高，不污染環境，使用方便，可利用時間長短以及外觀潔美等因素。