多數情況下，無土栽培設施在運行之初，基本不會發生病蟲害，而當隨著栽培使用時間的延長，不知不覺中，病蟲害就發生了。無土栽培如果不注重環境保潔和規范操作，可能一開始就會遭到污染。從異地（主要是蔬菜產區）調進蔬菜苗，不小心就把產地或在運輸途中把異地病蟲害帶進了你新建的溫室和栽培系統，造成初次侵染。
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1、如果本來就在一個老溫室環境下改造建起無土栽培系統，那風險就自然存在了。因為這一環境的土壤和室外地表及空氣環境，充滿了病菌孢子，在溫室設施表面的每一處縫隙中，也都隱藏有各種病菌和昆蟲。所以，在改造做無土栽培之前，必須充分考慮到這些外界因素對無土栽培的危害風險，必須糾正自己的片面認識，不要認為采用了無土栽培技術，你的蔬菜作物就高枕無憂了。
2、必須綜合治理溫室內外的環境，溫室內外地表嚴禁裸露堆放各種作物的枝蔓、爛葉、病蟲果實，必須集中發酵處理或焚燒。
3、對地表土壤應進行封閉隔離，室外不栽培的區域可以種植非蔬菜作物覆蓋地表或覆蓋園藝地布來封閉土壤表面，防止大風起塵土將病菌、小型昆蟲也吹進溫室內的栽培系統。溫室環境在栽培前應進行高劑量（常規有作物時的1倍以上）藥物熏蒸消毒，把所有溫室設施表面的病菌、小型昆蟲徹底消滅。在溫室的出入口、通風口，都應考慮設置緩沖與過濾裝置，隔離病蟲害的入侵通道，在一定程度上可以延緩和減輕病蟲害的發生，降低無土栽培的技術風險。
4、室內地面除了要嚴格隔離土壤以外，主要操作道、人行道可以考慮硬化或半硬化處理，在打掃衛生過程中，既不可在地面干燥情況下打掃，也不可在地表有積水的情況下打掃，要十分留意在搞衛生的過程中，一是由于塵土飛揚而將地表病蟲隨塵土帶入栽培系統；二是因污水飛濺而將病蟲濺入栽培系統。