無土栽培農作物的營養來源可以利用家畜禽類的糞便、沼氣肥料、生物有機肥料（生物有機殘體或活性微生物菌肥料）。
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1、在基質栽培中的使用，首先必須通過高溫發酵，以免將病源微生物及蟲卵、草籽帶入栽培系統。其次必須經烘干并粉碎至顆粒小于3毫米，作基肥時可以直接與基質混合均勻，以肥源的有效成份含量多少來確定混合量，一般每立方米基質中可混入純雞糞10～15千克，或餅肥15～20千克，或其他種類有機肥20～50千克不等。
2、做追肥時可以有兩種用法：采用表面撒施的方法，施用后直接滴灌清水，這種方法的缺點是必需人工施肥，而且只能表面追施，易出現基質表面濃度高，中、下部濃度低的現象，不利于根系對養分的平衡吸收；追施法就是將有機肥加入水中浸泡24h以上，用80目以上的網紗過濾，取肥液加入營養液池中，通過水泵及滴灌系統均勻供液。
3、肥液兌水稀釋至電導濃度1.8～2.5ms/cm，PH值調至5.5～6.5之間，這種供給方法的效果比較穩定，也比較均勻，不會有燒根現象。單一采用有機肥時還必須根據不同有機肥的主要大量元素含量，來確定添加無機肥的種類和用量，以確保作物對各種養分的全面均衡吸收。
4、雞糞中含鈣、磷較多，含氮此之，含鉀最少，所以長期用雞糞追肥時必須配合鉀肥和氮肥的使用，可以在10千克雞糞中混入1.5～2.0千克的硫酸鉀或硝酸鉀進行追施。