巨型南瓜的主要病害有白粉病、病毒病、霜霉病等。蟲害主要是蚜蟲、白粉虱、斑潛蠅等。
1.物理防治
①在南瓜坐定后，底下墊泡沫板等材料，避免瓜底部被害蟲咬噬或一些腐爛性病害發生。②懸掛黃板、藍板防治蚜蟲、白粉虱、潛葉蠅，懸掛高度要在距離葉片高度15～30 cm 位置， 每隔2～3 m 懸掛一張，不可過高，過高會影響預防效果。③及時打掉老化的黃葉和開敗的花，防止因濕度大而引發霉變。
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2.化學防治
巨型南瓜的主要病害有白粉病、病毒病、霜霉病等。
（1）白粉病
受害時葉片或嫩莖出現白色霉斑，嚴重時整個葉片布滿白粉，10～30 ℃均可發病，最適溫度20～25 ℃，高溫干燥和潮濕交替病害發展迅速。可選用2％加收米（春雷霉素）水劑600 倍稀釋液，或25％阿米西達（嘧菌酯）懸浮劑，或10％世高（苯醚甲環唑）水分散粒劑8 000 倍稀釋液，或50％翠貝（醚菌酯） 干懸浮劑3 000～4 000 倍稀釋液防治，交叉使用，連噴3～4 次。
（2）病毒病
夏季高溫極易產生病毒為害， 其主要靠蚜蟲類等刺吸式口器昆蟲進行取食傳播病毒，應以防為主， 綜合防治。防治藥劑通常有鹽酸嗎啉胍、病毒A、稼典利、32％核苷·溴·嗎啉胍、抗病威等，由于其主傳播來源，同時還需施加吡蟲啉、阿維菌素、啶蟲脒等殺蟲藥劑進行預防和防治攜帶病毒者。在通常情況下，若病毒病不嚴重，一般用上述任何一種藥劑防治3 次即可， 但若病情嚴重并且環境條件又不利于瓜苗生長時， 應需及早拔除病害嚴重的植株。
（3）霜霉病
溫室、大棚溫度在15～25 ℃，相對濕度高于80％時很容易發病，當天氣多雨、多露、多霧或是連續陰雨天氣時，發病早而重。防治藥劑可選用杜邦克露、霜霉威鹽酸鹽、殺毒礬等進行預防和防治。
（4）蟲害防治
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溫室內南瓜栽培害蟲主要是蚜蟲、白粉虱、斑潛蠅等。蚜蟲繁殖力強，一年可發生10～30 個世代，世代重疊現象突出，群集于植物葉背面、嫩莖、生長點和花上，吸食汁葉，嚴重時植株停止生長，甚至全株萎蔫枯死；白粉虱繁殖力強，能孤雌繁殖，種群增長快，群聚危害，被害葉片退綠、變黃、萎蔫，甚至全株枯死；斑潛蠅發生規律在北方地區年可發生8～10 代， 其中保護地發生4～5 代， 保護地4—6 月初和10—11 月世代重疊嚴重。防治藥劑可選用苦參堿、除蟲菊素、撲虱靈、甲維鹽、氯氟氰菊酯、滅蠅胺、吡蟲啉、啶蟲脒或是異丙威煙熏劑等進行預防和防治。